Dopo la conversione al cristianesimo i fiorentini scelgono il Battista come patrono della città. Probabilmente per due principali motivi. In primo luogo perchè il precedente protettore della città era il dio Marte (una sua statua sopravviverà all'imbocco del Ponte Vecchio fino al 1333, quando sarà portata via dalla piena dell'Arno) e San Giovanni, con la sua personalità coraggiosa e battagliera, deve esserne apparso un degno sostituto. In secondo luogo perchè l'insegnamento di San Giovanni era breve e chiaro. Aveva detto agli esattori: "non esigete niente di più di quello che vi è stato fissato". Ai militari: "non molestate nessuno, non denunziate falsamente, contentatevi della vostra paga". Ai cittadini: "chi ha due tuniche le divida con chi non ne ha; chi ha da mangiare nutrisca chi ha fame". Ad Erode: "non ti è permesso avere la moglie di un tuo fratello".

Si tratta perciò di un uomo retto ed inflessibile, il protettore ideale di una comunità la cui ricchezza si fondava sul commercio e a cui la reputazione serviva come denaro sonante (lo dimostreranno poco dopo con l'invenzione dell'assegno e della cambiale). L'effige del Santo appare su una delle facce del fiorino d'oro (sull'altra c'è il giglio fiorentino), coniatodal 1252. La moneta su cui si basano ricchezza e reputazione della Repubblica prende cioè il protettore della città come garante della qualità della lega metallica di cui è composta, che deve sempre contenere 3,54 grammi d'oro. Nasce così il detto "San Giovanni non vuole inganni". La scelta di San Giovanni Battista come patrono non emerge comunque nella Firenze cristiana fino alla dominazione longobarda, estesasi in quasi tutta la penisola fra il VI e l'VIII secolo. È sotto i longobardi, che già hanno scelto il Battista come santo protettore del loro popolo e lo hanno probabilmente "importato" a Firenze, che avviene la fondazione o ri-fondazione del Battistero (VI-VII secolo), il "bel San Giovanni" (come lo chiama Dante) che la leggenda vuole essere stato in origine un tempio di Marte: da qui proveniva infatti quella statua del dio che abbiamo ricordato sul Ponte Vecchio fino al 1333.

È solo nel XIII secolo, comunque, che si hanno le prime notizie di solenni cerimonie in occasione del 24 giugno, ricorrenza del Patrono. La piazza e il tempio di San Giovanni costituiscono allora il massimo centro della vita religiosa e politica della Repubblica, ed è davanti alle sue porte che si conclude ogni 24 giugno la serie dei festeggiamenti: un enorme cero viene trasportato su un carretto con un corteo che parte da piazza della Signoria. Nasce così il Carro di San Giovanni della tradizione folcloristica, riservato però in seguito (e tutt'oggi) alle cerimonie pasquali.

In tempi moderni il Patrono è stato salutato con feste e fuochi d'artificio che la sera del 24 giugno esplodono dal piazzale Michelangelo. L'organizzazione è riservata alla Società di San Giovanni Battista, fondata il 29 gennaio 1796 dal granduca Ferdinando III di Lorena appunto per gestire le cerimonie.